Setakat ini, Musang Hitam Pudar pernah dijumpai hanya di beberapa kawasan di Sarawak, Sabah dan Brunei; ia belum pernah dijumpai di Kalimantan.

Kawasan di mana ia paling kerap ditemui setakat ini adalah sebuah kawasan pembalakan di Ulu Baram, Sarawak, iaitu Sela’an-Linau Forest Management Unit (FMU), di mana antara tahun 2004 hingga 2005, sebanyak 14 keping gambar carnivora ini didapati dari kamera kamera otomatik khas yang disimpan di hutan.[9] Sebelum ini, kawasan di mana paling banyak specimen binatang ini didapati adalah Tanah Tinggi Kelabit (Kelabit Highlands), di mana antara tahun 1945 hingga 1949, Tom Harrisson mendapati 4 ekor specimen.[4] Oleh kerana Sela’an Linau FMU dan Kelabit Highlands terletak berdekatan antara satu sama lain, kawasan ini mungkin merupakan habitat yang paling sesuai untuk Musang Hitam Pudar.[3][9]

Setakat ini, hampir semua rekod Musang Hitam Pudar adalah dari Hutan Montane (gunung).[1][2][3][5] Ini menyebabkan ianya dipercayai sebagai spesies pergunungan. Namun demikian, ia pernah dijumpai di ketinggian hanya 450m di Brunei,[6] 600m di Batu Song, Sarawak,[2] dan salah satu daripada 14 keping gambar dari Sela’an – Linau FMU diambil dari paras ketinggian 730m.[3][9]